안녕하세요.
대표님의 든든한 절세 파트너 세무법인 가치입니다.
약국은 조제료, 비급여 항목, 의약품 유통 등 일반 사업체 다른 매출 구조를 가지고 있습니다. 이러한 약국 고유의 재무 특성으로 인해 세무기장 과정은 높은 전문성을 요구하며, 잘못 처리 시 불필요한 세금 지출이나 가산세와 같은 재정적 리스크가 생길 수 있는데요.
그래서 준비했습니다. 오늘은 약국을 개업, 운영하는 분들에게 중요한 약국 세무기장에 대해 자세히 알려드리려고 합니다.
목차
– 약국 세무기장
– 약국 세무기장 시 주요 세금 종류
– 약국 세무기장 절세방법

약국은 보건의료 특성상 일반적인 사업자와 상이하게 과세, 면세 매출을 함께 발생하고 있습니다. 이에 세금 신고를 제대로 하지 않으면 추가적인 부가세 및 가산세는 물론 세무서에서 사후관리를 할 가능성도 높아지기 때문에, 정확한 세무기장 및 관리가 매우 중요합니다.
◎ 복식부기의 의무
약국은 소매업으로 분류되기도 하지만, 소득세법상 ‘전문직 사업자’에 해당하기 때문에 개업하는 순간부터 ‘복식부기 의무자’에 속합니다. 이는 매출 규모와 관계없이 장부를 복식부기로 기장, 신고해야 한다는 것을 의미합니다.
◎ 복잡한 매출 분류
○ 과세/면세 비율
전문의약품(ETC)과 일반의약품(OTC) 매출에 따라 부가가치세 과세 및 면세 매출을 정확히 구분하여 관리해야 합니다. 매출 중에서 과세 및 면세에 대한 구분을 정확하지 않을 경우 세금 부담이 가중됩니다.
○ 매입세금계산서 분류 및 신용카드 사용 비율
의약품 매입 시 발생하는 세금계산서의 분류 또한 중요합니다. 그리고 사업자 관련하여 지출하는 그외의 경비에 대해서도 세무상 분류를 하여야 합니다.
◎ 특정거래 시 영향
○ 약국 간 거래
약국 간에 의약품 거래가 이루어지는 경우, 이는 매출, 매입, 그리고 재고자산에 영향을 미치므로 의약품 거래에 대한 항목을 잘 정리해야 합니다.
○ 포인트 및 캐쉬백
약국 사업자가 의약품 구매대금을 카드로 결제하고 포인트나 캐쉬백을 받는 경우에 해당 금액은 사업소득의 총수입금액에 포함되는 대상에 해당하므로 확인을 잘해야 합니다.
◎ 세무조사 위험 관리
약국의 특성을 잘 이해하고 전문적인 세무기장을 통해 세금 부담을 최소화하고 세무조사 리스크를 줄일 수 있습니다.

약국은 사업 특성상 일반 업종과 다른 세금 계산 방식이 적용되므로, 다음 세금들을 주의 깊게 살펴보아야 합니다.
◎ 부가가치세
약국은 건강보험이 적용되는 조제약품 판매와 건강보조식품, 일반의약품 판매 등 과세와 면세가 혼합된 겸영사업자입니다.
*겸영사업자: 부가가치세가 과세되는 재화·용역과 면세되는 재화·용역을 함께 공급하는 사업자
○ 과세매출: 처방전 없이 판매되는 일반의약품, 건강 기능 식품, 의약외품, 의료기기, 생활용품 등은 10%의 부가가치세가 과세됩니다.
○ 면세매출: 의사의 처방에 따른 조제약 및 조제료, 즉 국민건강보험 적용을 받는 진료 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 건강보험공단에서 지급되는 조제료 또한 면세 매출에 해당합니다.
과세 매출과 면세 매출을 정확하게 구분하여 신고해야 하며, 매입세액 공제도 과세 매출, 면세 매출과의 연관성을 확인하여 신청해야 합니다.
◎ 종합소득세
개인 약국의 경우, 매년 5월에 전년도 사업소득 외 이자, 배당, 기타, 연금, 근로를 통해 벌어들인 총 수입금액에서 필요경비(사업과 관련된 비용)을 차감한 소득에 대해 부과되는 세금으로 매년 5월 전년도 소득에 대한 신고 및 납부를 해야 합니다.
○ 소득금액 산정
총수입금액(과세/면세 매출 모두 포함)에서 약국 운영에 들어간 필요경비를 제외한 금액이 과세 대상 소득금액이 됩니다.
○ 필요경비 인정
약품 매입비, 인건비, 임대료, 관리비, 각종 공과금, 소모품비 등 사업과 관련된 지출은 적격 증빙을 통해 경비로 인정받아 소득세를 절감할 수 있습니다.
○ 복식부기 의무
약국은 매출액 규모와 관계없이 개업 시점부터 복식부기 의무자에 해당합니다. 이는 모든 거래를 복식부기 방식으로 장부에 기록해야 함을 의미하며, 세무사의 전문적인 도움을 받아야 합니다.
◎ 원천징수세
직원을 고용하여 급여를 지급하는 약국이라면, 직원의 근로소득에 대해 소득세 및 지방소득세를 원천징수하여 세무서에 신고하고 납부해야 합니다. 급여 지급 시 해당 세금을 공제한 후 지급하며, 다음 달 10일까지 세무서에 납부합니다. 또한, 직원들의 4대 보험(국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험)에 대한 사업주 부담금과 근로자 부담분을 정확히 관리하고 납부하는 것도 중요합니다.
◎ 지방소득세
납부해야 할 종합소득세액의 10%에 해당하는 금액이 지방소득세로 부과됩니다. 종합소득세와 함께 신고 및 납부되며, 관할 지방자치단체로 납부됩니다.
약국 세무기장은 이러한 다양한 세금의 특성을 이해하고 관리해야 하며, 특히 과세/면세 구분과 복식부기 의무로 인해 전문적인 지식이 필요합니다. 따라서 약국 세무에 특화된 세무사와 함께 관리하시는 것이 세금 부담을 줄이고 정확한 신고를 하는 데 가장 효과적인 방법입니다.

약국 세무기장 시 합법적으로 세금을 줄일 수 있는 방법은 다음과 같습니다.
◎ 과세/면세 매출 및 매입을 철저히 구분하여 관리하기 (부가가치세 절세)
약국은 과세 매출(일반 의약품, 건강 기능 식품 등)과 면세 매출(처방 조제약, 조제료 등)이 혼재한 겸영사업자이므로, 이를 정확히 구분하는 것이 가장 중요합니다.
○ 매출 구분하기
약국 전산 시스템 등을 활용하여 과세 매출과 면세 매출을 실시간으로 정확하게 분류하고 기록해야 합니다. 매출 비중에 따라 매입세액 공제액이 달라지기 때문입니다.
※ 주의: 비보험 조제료 등 면세 수입금액을 누락하거나, 비급여분을 과세 매출로 신고하지 않으면 사후적으로 문제가 될 수 있으므로, 모든 매출을 투명하게 관리해야 합니다.
○ 매입 자료를 철저히 수취하기
부가가치세 환급 및 필요경비 인정을 위해 사업 관련 모든 매입에 대해 적격 증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표, 현금영수증)을 반드시 수취해야 합니다. 특히, 의약품 매입 시 과세 의약품과 면세 의약품의 매입을 구분하여 관리하고, 공통 매입세액에 대해서는 과세/면세 비율에 따라 적절히 안분 계산하여 공제받아야 합니다.
◎ 필요경비 최대한 인정받기 (종합소득세 절세)
개인 약국의 종합소득세는 총수입금액에서 필요경비를 차감하여 계산되므로, 사업과 관련된 지출을 최대한 경비로 인정받는 것이 절세의 핵심입니다. 약국은 복식부기 의무자이므로 모든 거래를 장부에 기록하고 증빙해야 합니다.
○ 인건비 관리
직원을 고용하고 있다면 급여, 상여금, 퇴직금, 4대보험 사업주 부담금 등 인건비는 가장 큰 절세 효과를 가져올 수 있는 항목입니다. 근로계약서 작성 및 급여대장 관리 등 적법한 절차를 통해 증빙을 철저히 해야 합니다.
○ 임차료 및 공과금
약국 임차료, 관리비, 전기세, 수도세, 가스비, 통신비 등 약국 운영에 필수적인 모든 공과금은 필요경비로 인정됩니다.
○ 약품 매입비
가장 큰 경비 항목으로, 약품 공급사로부터 받은 세금계산서 등을 철저히 보관해야 합니다.
○ 비품 및 소모품비
의약품 보관을 위한 냉장고, 전산 장비, 사무용품, 청소용품 등 사업에 사용되는 비품 및 소모품 구매 비용을 경비 처리할 수 있습니다. 일정 금액 이상 고가의 비품은 감가상각을 통해 비용 처리됩니다.
○ 차량 유지비
약국 업무에 사용하는 차량의 유류비, 수리비, 보험료, 통행료 등도 업무용승용차 관련 비용 규정에 맞춰 경비 처리할 수 있습니다.
○ 이자 비용
사업 관련 대출금에 대한 이자 비용도 필요경비로 인정받을 수 있습니다.
○ 복리후생비
직원들의 식대, 간식비, 회식비 등 복리후생 성격의 지출도 적절한 한도 내에서 경비 처리 가능합니다.
○ 접대비
거래처 약국과의 관계 유지 등을 위한 접대비는 증빙 및 법정 한도 내에서 경비로 인정됩니다.
◎ 세액공제 및 감면 제도 적극 활용하기
종합소득세 신고 시 적용할 수 있는 다양한 세액공제 및 감면 제도를 활용하면 납부할 세액 자체를 줄일 수 있습니다.
○ 고용관련 세액공제: 직원을 추가로 고용했을 때 증가된 인원 수에 따라 일정 금액을 세액공제 받을 수 있습니다.
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◎ 약국 전문 세무사와 협력하기
약국의 세무는 복잡하고 일반적이지 않은 특수성을 가지고 있습니다. 복식부기 의무, 과세/면세 매출 구분, 복잡한 필요경비 인정 기준 등 전문가의 도움이 필수적입니다. 전문가의 도움을 받는다면 절세 전략 수립 뿐만 아니라, 오납을 방지하고 불필요한 세무조사 위험을 줄이는 데 큰 도움이 됩니다. 그리고 누락 없는 정확한 신고를 진행함으로 추후 발생할 수 있는 가산세 및 불이익을 예방할 수 있습니다.
※ 이에 세무법인 가치는
약국 세무기장을 전문적으로 하는 세무사가 함께 합니다. 각자 다른 상황에 맞춰 만족할 수 있는 세무서비스를 받을 수 있게 도와드리고 있습니다. 특히 담당직원 – 담당 세무사 – 총괄 세무사로 이어지는 3단 검증을 통해 세무기장을 하므로 세금 운영에 만족하실 수 있으실 겁니다. 또한 현재 자신의 세금관리가 잘되고 있는지 체크할 수 있는 세무리포트도 제공해 드리고 있기에 많은 분들이 저희와 함께 하고 있습니다.

지금까지 약국 세무기장에 대해 알아보았습니다. 약국 세무기장을 알아보는 대표님에게 도움이 되었기를 바랍니다.
그리고 저희 삼성역 세무사 세무법인 가치는 약국 세무기장 외에도 다양한 세무분야의 전문가들이 함께 하므로 세금관련해 어려움을 겪고 있다면 꼭 문의하시기 바랍니다. 성심껏 도와드리겠습니다.
감사합니다.