
목차
– 면세사업자 사업장 현황신고와 지출 증빙
– 직접인력 인건비 지출 비율과 원천세 관리
– 시설 재무·회계 규칙에 따른 투명한 자금 운용
방문요양센터는 공공성을 띠는 서비스인 만큼, 국민건강보험공단과 지자체의 엄격한 감사를 받습니다. 일반 개인사업자와 똑같은 방식으로 세무 처리를 했다가는 환수 조치나 행정처분이라는 큰 어려움을 겪을 수 있습니다.
오늘은 안정적인 운영을 위해 반드시 숙지해야 할 3대 핵심 포인트를 짚어드리겠습니다.

장기요양서비스는 의료 보건 서비스의 일환으로 부가가치세가 면제되는 면세 사업에 해당합니다. 하지만 세금 신고 의무가 없는 것은 아닙니다. 매년 2월 10일까지 전년도 매출액과 비용 내역을 보고하는 ‘사업장 현황신고’를 반드시 해야 합니다.
◎ 적격 증빙의 생활화
시설 운영을 위해 지출하는 모든 비용은 시설 전용 체크카드, 사업용 신용카드, 세금계산서, 현금영수증 등 법적 증빙 서류가 반드시 있어야 합니다. 간이영수증이나 증빙 없는 지출은 비용으로 인정받지 못할 뿐만 아니라, 지자체 감사 시 ‘자금 유용’의 오해를 살 수 있습니다.
◎ 사적 비용 지출 주의
대표자 개인의 식대나 가사 비용 등이 시설 회계에 섞이지 않도록 엄격히 분리해야 합니다. 이는 향후 세무조사나 현지조사 시 가장 먼저 들여다보는 항목 중 하나입니다.

방문요양센터 세무의 핵심은 ‘인건비’입니다. 보건복지부 고시에 따라 센터는 수령한 급여 비용 중 일정 비율 이상을 반드시 요양보호사 등 직접인력의 인건비로 지출해야 합니다.
인건비 지출 비율
| 구분 | 장기요양요원 | 2025년 | 2026년 |
| 노인요양시설 | 간호(조무)사, 물리(작업)치료사, 사회복지사요양보호사 | 62.5% | 62.6% |
| 노인요양공동생활가정 | 간호(조무)사, 물리(작업)치료사, 사회복지사, 요양보호사 | 65.1% | 65.2% |
| 주ㆍ야간보호 | 간호(조무)사, 물리(작업)치료사, 사회복지사, 요양보호사 | 48.5% | 48.6% |
| 단기보호 | 간호(조무)사, 물리(작업)치료사, 사회복지사, 요양보호사 | 58.8% | 58.9% |
| 방문요양 | 요양보호사, 사회복지사 | 86.6% | 87.0% |
| 방문목욕 | 요양보호사 | 49.8% | 49.7% |
| 방문간호 | 간호(조무)사, 치과위생사 | 60.4% | 60.2% |
◎ 인건비 비율 상향 대응
2025년 86.6%였던 방문요양 인건비 지출 비율은 2026년 87.0%로 상향되었습니다. 이는 수입의 대부분을 인건비로 지출해야 함을 의미하며, 이를 어길 시 장기요양위원회 심의를 거쳐 행정처분을 받을 수 있습니다. 월별로 지급되는 급여와 퇴직적립금 등이 이 비율을 충족하고 있는지 매달 모니터링해야 합니다.
◎ 원천징수 및 4대 보험
인건비의 비중이 높은 업종 특성상, 급여 지급 시 소득세를 정확히 징수하여 신고하는 원천세 업무가 매우 중요합니다. 4대보험에 대한 보수총액 신고와 연말정산이 정확하지 않으면 차후 건강보험공단과의 정산 과정에서 혼란이 생길 수 있습니다.

장기요양기관은 일반 기업 회계가 아닌 ‘사회복지법인 및 시설 재무·회계 규칙’을 따릅니다. 이는 자금의 흐름을 투명하게 공개하여 어르신들에게 서비스 품질이 유지되도록 하기 위한 장치입니다.
◎ 단일통장 원칙과 W4C 연동
시설의 모든 수입과 지출은 시설 명의의 전용 통장 하나로 관리하는 것이 원칙입니다. 또한, 모든 회계 기록은 사회복지시설정보시스템(W4C)에 입력된 내용과 실제 통장 내역이 일원 단위까지 일치해야 합니다.
◎ 전출금 및 수익금 관리
센터 운영 후 남은 수익금을 대표님이 급여 외의 용도로 가져가는 것은 매우 까다로운 절차(전출금 등)를 거쳐야 합니다. 이를 임의로 처리할 경우 ‘부당 청구’나 ‘회계 부정’으로 간주될 수 있으므로 전문가의 조력을 통한 관리가 필요합니다.

경기도 내 방문요양센터 원장님들께서 어르신 돌봄이라는 본연의 가치에 오롯이 집중하기 위해서는, 무엇보다 뒤에서 든든하게 받쳐줄 세무 관리가 선행되어야 합니다.
특히 2026년부터 87.0%로 인상된 인건비 지출 비율과 갈수록 까다로워지는 재무·회계 규칙은 원장님께서 운영과 병행하며 직접 관리하시기에 현실적인 어려움이 크실 것입니다. 자칫 놓치기 쉬운 세밀한 규정들이 자칫 센터 운영에 큰 리스크로 돌아올 수 있기 때문입니다.
따라서 장기요양기관만의 특수성과 복잡한 법규를 완벽히 이해하고 있는 전문 세무사의 조력을 받는 것이 무엇보다 중요합니다. 전문가와의 긴밀한 협업을 통해 현지조사 리스크를 사전에 예방하고, 효율적이고 투명한 자금 운용을 실천함으로써 지역사회에서 센터의 장기적인 신뢰도를 차근차근 쌓아 가시길 바랍니다.
긴 글 읽어 주셔서 감사합니다.



